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Los hechos que dieron origen al litigio principal se originaron en virtud de la comprobación limitada del IVA del año 2013, a la que fue sometida la recurrente, por parte de la AEAT de Baleares. En las autoliquidaciones del IVA, la sociedad mercantil incluyó cuotas de IVA soportadas que consideró deducibles; siendo que la Oficina de Gestión Tributaria entendió que determinadas facturas no describían correctamente las operaciones, o no estaban emitidas a nombre de la sociedad, o no se había aportado justificación documental suficiente. Señalando, además, la AEAT, que algunas cuotas se habían repercutido de manera indebida. Por ello, solo se acordó la devolución de 54.734,07€ -y no los 111.518,32€-, sin emitir pronunciamiento alguno con relación a las cuotas indebidamente repercutidas y sobre las cuales se solicitó la devolución.
La sociedad mercantil recurrió la liquidación provisional dictada por la Administración, lo cual fue desestimado por el TEAR de Baleares, así como por el TSJ de Islas Baleares; en virtud de lo anterior, presentó recurso de casación ante el Tribunal Supremo, teniendo como objetivo para formar jurisprudencia, el que se determine si, habiéndole denegado la Administración Tributaria a un contribuyente el derecho a la deducción de determinadas cuotas soportadas de IVA en el seno de un procedimiento de comprobación limitada, y actuando de acuerdo al principio de íntegra regularización, dicha Administración debe efectuar las actuaciones necesarias para determinar si han concurrido los requisitos legales para reconocer al contribuyente el derecho a la devolución de los ingresos indebidos de las cuotas de IVA que, en el mismo período de comprobación, le hubieren sido indebidamente repercutidas, regularizando con ello, de manera íntegra, la situación de dicho sujeto con respecto al IVA.
El Tribunal Supremo otorga la razón al recurrente, y basándose en la aplicación del principio de regularización íntegra, sentencia que la Administración debe reintegrar, de oficio, las cuotas indebidamente repercutidas, dentro del mismo procedimiento de comprobación limitada y que, al tratarse de un vicio sustantivo y no de forma, resulta improcedente la retroacción de las actuaciones.
