Los hechos que dieron origen al litigio principal se producen en virtud de la actividad desarrollada por una sociedad mercantil dedicada al alquiler de bandejas y palés retornables, utilizados por productores y distribuidores de productos alimenticios. Para garantizar la devolución de dichos bienes, la sociedad aplicaba un sistema de depósito mediante el cual facturaba a sus clientes determinadas cantidades en concepto de garantía, repercutiendo el IVA en dichos productos. Posteriormente, cuando los clientes devolvían los bienes, la empresa rectificaba o anulaba las correspondientes facturas de depósito.
En el año 2015, el Ministerio de Economía húngaro dictó varias decisiones fiscales anticipadas en las que concluyó que esas cantidades percibidas en concepto de depósito no constituían operaciones sujetas al IVA. Como consecuencia de ello, la sociedad dejó de repercutir el impuesto en las nuevas facturas y quedó facultada para rectificar las emitidas con anterioridad y solicitar la devolución del IVA ingresado indebidamente mediante el procedimiento de autorrectificación. Sin embargo, antes de que la empresa hubiera podido corregir íntegramente todas sus declaraciones, la Administración Nacional de Hacienda y Aduanas de Hungría inició una inspección relativa al IVA correspondiente al período comprendido entre enero de 2015 y julio de 2017. La inspección concluyó sin practicar regularización alguna y el período quedó definitivamente cerrado. sin embargo, posteriormente la sociedad comprobó que determinadas facturas rectificativas no habían sido incluidas en las declaraciones del IVA y que otras ni siquiera habían podido emitirse antes del inicio de la inspección, por lo que solicitó la apertura de un nuevo control fiscal, con el fin de obtener la devolución del impuesto indebidamente ingresado.
La Dirección de Recursos de la Administración Nacional de Hacienda y Aduanas de Hungría denegó dicha solicitud al considerar que no concurrían los requisitos exigidos por la normativa nacional para reabrir un período ya inspeccionado, al no existir hechos o circunstancias nuevas desconocidas por el contribuyente. Entendió que la sociedad había dispuesto de tiempo suficiente para efectuar las correspondientes autorrectificaciones antes del inicio de la inspección y que las decisiones fiscales anticipadas, así como la documentación relativa a las facturas rectificadas, ya eran conocidas cuando se desarrolló el primer control.
Frente a dicha resolución, la sociedad mercantil interpuso recurso ante el Tribunal General de la Capital - Hungría. La sociedad alegó que la negativa de la Administración vulneraba los principios de neutralidad fiscal, efectividad y proporcionalidad, al impedirle recuperar un IVA que nunca debió haberse devengado, pese a que el derecho a solicitar la devolución no había prescrito y no existía riesgo alguno para la Hacienda Pública, pues el impuesto había sido efectivamente ingresado. Asimismo, sostuvo que no pudo completar la regularización dentro del plazo legal porque no disponía en aquel momento de toda la documentación necesaria. Ante las dudas sobre la compatibilidad de la ley nacional con la Directiva 2006/112/CE , el órgano jurisdiccional nacional elevó cuestión prejudicial al Tribunal General de la Unión Europea.
El TGUE declara que la Directiva del IVA y los principios de neutralidad fiscal, efectividad y proporcionalidad se oponen a una normativa nacional, que impide al sujeto pasivo obtener la devolución del IVA indebidamente facturado por el mero hecho de que el período tributario haya quedado cerrado tras una inspección, cuando el derecho a la devolución no ha prescrito, no existe riesgo de pérdida de ingresos para la Hacienda Pública y el sujeto pasivo no dispone de otra vía efectiva para ejercitar ese derecho.