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El litigio tiene su origen en la solicitud de rectificación de las autoliquidaciones del Impuesto sobre Hidrocarburos, correspondientes a los ejercicios 2013 a 2016, y de devolución de los ingresos indebidos derivados del denominado tramo autonómico del impuesto, interpuesta dicha solicitud por una sociedad mercantil ante la Hacienda Foral de Bizkaia. La sociedad, en su condición de repercutida, había soportado las cuotas del Impuesto sobre Hidrocarburos correspondientes a carburantes expedidos desde un depósito fiscal situado en Bizkaia, cuyas autoliquidaciones habían sido presentadas e ingresadas por el depositario autorizado ante la Hacienda Foral. Tras la jurisprudencia que declaró contrario al Derecho de la Unión el establecimiento de tipos autonómicos diferenciados en el Impuesto sobre Hidrocarburos, la entidad solicitó la devolución de las cuotas soportadas, petición que fue rechazada por la Hacienda Foral al considerar que carecía de competencia para acordar dicha devolución.
Frente a esa negativa, la sociedad mercantil interpuso recurso contencioso-administrativo ante el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco, que desestimó sus pretensiones al entender que la devolución del tramo autonómico correspondía a la Administración del Estado y no a la Diputación Foral. Contra dicha sentencia, la mercantil interpuso recurso de casación ante el Tribunal Supremo.
En su recurso, la entidad recurrente solicitó que el Tribunal Supremo aplicara la doctrina ya fijada en sus sentencias de 25 de septiembre de 2024 y de 26 de enero de 2026, declarando que la Diputación Foral de Bizkaia era la Administración competente para resolver las solicitudes de rectificación de las autoliquidaciones y devolver los ingresos indebidos correspondientes al tramo autonómico del Impuesto sobre Hidrocarburos cuando las autoliquidaciones y el ingreso del impuesto se hubieran efectuado ante dicha Hacienda Foral. En consecuencia, interesó la anulación de la sentencia recurrida y el reconocimiento de su derecho a obtener la devolución de las cantidades reclamadas, junto con los intereses de demora.
El Tribunal Supremo estima el recurso de casación, señalando que, efectivamente, ya había fijado doctrina en sentencias anteriores declarando que el establecimiento de tipos autonómicos diferenciados en el Impuesto sobre Hidrocarburos vulneraba la Directiva 2003/96/CE y que, tratándose de cuotas ingresadas mediante autoliquidaciones presentadas ante la Hacienda Foral, corresponde a esta Administración tramitar las solicitudes de rectificación y acordar, en su caso, la devolución de los ingresos indebidos, sin perjuicio de los ajustes financieros que posteriormente deban realizarse entre Administraciones. Razona el ponente que el denominado tramo autonómico no constituye un tributo independiente del Impuesto sobre Hidrocarburos, sino un elemento integrante del mismo, de manera que la competencia para gestionar las consecuencias derivadas de su indebido ingreso corresponde a la Administración ante la que se presentó la autoliquidación. Añade que la circunstancia de que la Comunidad Autónoma del País Vasco no hubiera aprobado un tipo autonómico propio durante los ejercicios controvertidos no altera esa conclusión, pues el ingreso cuya devolución se reclama fue efectuado ante la Hacienda Foral y es esta la que debe restituir las cantidades indebidamente percibidas. Asimismo, rechaza la retroacción de actuaciones interesada por la Administración al considerar que el procedimiento ya disponía de todos los elementos necesarios para resolver definitivamente el fondo del litigio y reconocer directamente el derecho de la recurrente.
En consecuencia, se declara la nulidad de los acuerdos impugnados y reconoce el derecho de la recurrente a obtener de la Diputación Foral de Bizkaia la devolución de 867.782,19 euros, incrementados con los correspondientes intereses legales desde la fecha de cada ingreso.
